Los Servicios de Salud de Sonora, después de la emisión de la Ley General de Contabilidad Gubernamental en diciembre del 2008, inició en el 2009 un proceso de armonización contable y de adecuación del Sistema Integral de Recursos Financiaros (SIRF), el cual es un Sistema de Planificación de Recursos Gubernamentales (GRP/Government Resource Planning), siendo la herramienta principal en materia de toma de decisiones, a través de los subsistemas de recursos humanos, materiales y financieros que funcionan de manera integral, que comparten en tiempo real, la información que estos requieren para la realización de sus operaciones. La vinculación entre los sistemas permite el apego a la suficiencia presupuestal, el asiento contable automático y en general, la integración automática de la información requerida para la toma de decisiones y ejecución de acciones oportunas.

Conforme al Sistema de Evaluación Contable (SEVAC), el cual es la herramienta tecnológica que mide el grado de cumplimiento de los entes públicos en materia de contabilidad, se presentan los últimos resultados obtenidos por el Organismo.